La professionnalisation sur les lieux d'affectation se déroule sur une durée minimale de dix-neuf semaines, complétée par un stage en agence régionale de santé ou en administration centrale ou dans un établissement public administratif de l'Etat ou une autorité administrative indépendante ou une organisation internationale, dans un service différent de celui de l'affectation d'une durée de trois semaines
Pendant toute la période sur le lieu d'affectation, le chef de service assure la fonction de maître de stage. Ce dernier désigne un ou plusieurs tuteurs appartenant au corps des pharmaciens inspecteurs de santé publique qui accompagne le stagiaire de manière continue et permanente.
Un livret individuel de formation, tenu par l'Ecole des hautes études en santé publique, retrace le parcours de formation personnalisé suivi par le pharmacien inspecteur stagiaire, et caractérise l'assiduité et l'investissement en formation de ce dernier.
Au cours de cette période, le stagiaire rédige un rapport d'expérience professionnelle visant à vérifier ses capacités à construire et à développer une analyse et un argumentaire autour d'une problématique relevant de son champ d'exercice professionnel.
Ce rapport est transmis à l'Ecole des hautes études en santé publique six semaines avant la tenue de la commission d'évaluation de l'année probatoire à laquelle il est remis. Ce rapport est complété par l'évaluation du maître de stage sur l'aptitude professionnelle du pharmacien inspecteur stagiaire, après avis du ou des tuteurs.
